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@ -1,4 +1,20 @@
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# Paralelización de simulación de permeabilidad
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# Paralelización de simulación de permeabilidad en CLuster HPC (SLURM)
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## ANTES DEL PRIMER USO
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Seguir los siguientes pasos del tutorial:
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1. Clonar este repositorio
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2. Entrar al entorno NIX
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3. Generar entorno Python para la simulación
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## USO HABITUAL:
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Habiendo completado las instrucciones previas al primer uso:
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1. Entrar al entorno NIX
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2. Activar el entorno python
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3. Ejecutar las siimulaciones de interés
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## Clonar este repositorio
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@ -15,18 +31,18 @@ Entrar a la carpeta del proyecto
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cd simulacion-permeabilidad
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```
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## Habilitar NIX e ingresar a entorno
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## Entrar al entorno NIX
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```
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enable_nix
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nix-shell
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```
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Para más info ver el archivo `shell.nix`.
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## Instalación de las librerías (Python 3)
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## Generar entorno Python para la simulación
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Los siguentes requisitos vienen provistos por `nix-shell`:
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Los siguentes requisitos ya vienen provistos por `nix-shell`:
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* `python3`
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* `python3-pip`
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@ -40,7 +56,9 @@ make install
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El instalador genera un entorno virtual en `venv`.
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Para activar el entorno virtual:
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## Activar el entorno python
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Para activar el entorno virtual (LUEGO DE HABER ACTIVADO EL ENTORNO NIX):
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```
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source venv/bin/activate
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@ -48,13 +66,13 @@ source venv/bin/activate
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Para desactivarlo `deactivate`.
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## Correr simulación/tests/performance en cluster
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## Correr simulaciones de interés
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Los siguientes comandos encolan trabajos en el cluster, que correrán tan pronto como les toque su lugar en la cola de trabajos.
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Se puede monitorear el estado de el/los trabajos encolados con `squeue`.
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Se puede cancelar un trabajo encolado con `scancel numero_de_trabajo`
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## Correr la simulación (en SLURM)
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### Correr la simulación (en SLURM)
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Por defecto: 2 nodos, 32 tasks por nodo.
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Para cambiarlo editar archivo `run-simulation-slurm`.
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@ -67,8 +85,7 @@ Una vez en ejecución, la salida se escribe a los siguientes archivos:
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* `simulation-nro-de-trabajo.out` la salida del trabajo.
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* `simulation-nro-de-trabajo.err` los errores del proceso
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## Correr los casos de prueba (en SLURM)
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### Correr los casos de prueba (en SLURM)
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Por defecto: 1 nodo, 64 cpus por nodo.
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Para cambiarlo editar archivo `run-tests-slurm`.
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@ -81,7 +98,7 @@ Una vez en ejecución, la salida se escribe a los siguientes archivos:
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* `test-nro-de-trabajo.out` la salida del trabajo.
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* `test-nro-de-trabajo.err` los errores del proceso
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## Correr las pruebas de performance (en SLURM)
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### Correr las pruebas de performance (en SLURM)
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Por defecto: 1 nodo, 64 cpus por nodo.
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Para cambiarlo editar archivo `run-perf-slurm`.
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