Contenedores de Apptainer

En este repositorio se encuentran archivos de definición de contenedores de Apptainer desarrollados para correr en TUPAC.

Para generar una imagen en base a ellos se debe ejecutar:

apptainer build imagen.sif definicion.def

Esto generará una imagen SIF de sólo lectura la cual al ser invocada se comportará como un entorno virtual.

Luego la misma puede ser ejecutada como

apptainer exec imagen.sif comando

para ejecutar un comando dentro del entorno o como

apptainer shell imagen.sif

para instanciar el contenedor. Notar que en el caso de instanciarlo dado que la imagen es de sólo lectura no podrán hacerse cambios en el sistema de archivos.

Para contenedores con Open MPI v3.x o superior los mismos soportan PMIx v2.x por lo que pueden ser invocados dentro de Slurm con

srun --mpi=pmix apptainer exec imagen.sif comando

utilizándose la versión de MPI que esté dentro del contenedor para la ejecución.

La documentación principal de Apptaner en TUPAC se encuentra acá.