Install only via venv
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d1af191f70
commit
c641704839
@ -1,19 +1,13 @@
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install:
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install:
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. ./script_install.sh
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./script_install.sh
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run:
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run:
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./run_simulation.sh
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./run_simulation.sh
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fftma:
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cd fftma_module/gen && python3 setup.py install --user
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binaries:
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./script_fortran.sh
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test: binaries
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test: binaries
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cd tests/integration && python3 -m unittest test.py
|
cd tests/integration && python3 -m unittest test.py
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perf: binaries
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perf: binaries
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cd tests/performance && python3 generation.py
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cd tests/performance && python3 generation.py
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cd tests/performance && python3 connectivity.py
|
cd tests/performance && python3 connectivity.py
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@ -1,11 +1,102 @@
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numpy
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anyio==3.6.2
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scipy
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argon2-cffi==21.3.0
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matplotlib
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argon2-cffi-bindings==21.2.0
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ipython
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arrow==1.2.3
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jupyter
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asttokens==2.2.1
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pandas
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attrs==23.1.0
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sympy
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backcall==0.2.0
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nose
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beautifulsoup4==4.12.2
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mpi4py
|
bleach==6.0.0
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Benchmarker==4.0.1
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cffi==1.15.1
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memory_profiler
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comm==0.1.3
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|
contourpy==1.0.7
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|
cycler==0.11.0
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|
debugpy==1.6.7
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|
decorator==5.1.1
|
||||||
|
defusedxml==0.7.1
|
||||||
|
executing==1.2.0
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|
fastjsonschema==2.16.3
|
||||||
|
fonttools==4.39.3
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|
fqdn==1.5.1
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|
idna==3.4
|
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|
ipykernel==6.22.0
|
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|
ipython==8.13.1
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|
ipython-genutils==0.2.0
|
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|
ipywidgets==8.0.6
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|
isoduration==20.11.0
|
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|
jedi==0.18.2
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|
Jinja2==3.1.2
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|
jsonpointer==2.3
|
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|
jsonschema==4.17.3
|
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|
jupyter==1.0.0
|
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|
jupyter-console==6.6.3
|
||||||
|
jupyter-events==0.6.3
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|
jupyter_client==8.2.0
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|
jupyter_core==5.3.0
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|
jupyter_server==2.5.0
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|
jupyter_server_terminals==0.4.4
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||||||
|
jupyterlab-pygments==0.2.2
|
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|
jupyterlab-widgets==3.0.7
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|
kiwisolver==1.4.4
|
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|
MarkupSafe==2.1.2
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|
matplotlib==3.7.1
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|
matplotlib-inline==0.1.6
|
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|
memory-profiler==0.61.0
|
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|
mistune==2.0.5
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|
mpi4py==3.1.4
|
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|
mpmath==1.3.0
|
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|
nbclassic==0.5.6
|
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|
nbclient==0.7.4
|
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|
nbconvert==7.3.1
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|
nbformat==5.8.0
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|
nest-asyncio==1.5.6
|
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|
nose==1.3.7
|
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|
notebook==6.5.4
|
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|
notebook_shim==0.2.3
|
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|
numpy==1.24.3
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|
packaging==23.1
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|
pandas==2.0.1
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|
pandocfilters==1.5.0
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|
parso==0.8.3
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|
petsc==3.19.0
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|
petsc4py==3.19.0
|
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|
pexpect==4.8.0
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|
pickleshare==0.7.5
|
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|
Pillow==9.5.0
|
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|
platformdirs==3.5.0
|
||||||
|
prometheus-client==0.16.0
|
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|
prompt-toolkit==3.0.38
|
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|
psutil==5.9.5
|
||||||
|
ptyprocess==0.7.0
|
||||||
|
pure-eval==0.2.2
|
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|
pycparser==2.21
|
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|
Pygments==2.15.1
|
||||||
|
pyparsing==3.0.9
|
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|
pyrsistent==0.19.3
|
||||||
|
python-dateutil==2.8.2
|
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|
python-json-logger==2.0.7
|
||||||
|
pytz==2023.3
|
||||||
|
PyYAML==6.0
|
||||||
|
pyzmq==25.0.2
|
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|
qtconsole==5.4.2
|
||||||
|
QtPy==2.3.1
|
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|
rfc3339-validator==0.1.4
|
||||||
|
rfc3986-validator==0.1.1
|
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|
scipy==1.10.1
|
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|
Send2Trash==1.8.2
|
||||||
|
six==1.16.0
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|
sniffio==1.3.0
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|
soupsieve==2.4.1
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|
stack-data==0.6.2
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|
sympy==1.11.1
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|
terminado==0.17.1
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|
tinycss2==1.2.1
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|
tornado==6.3.1
|
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|
traitlets==5.9.0
|
||||||
|
tzdata==2023.3
|
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|
uri-template==1.2.0
|
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|
wcwidth==0.2.6
|
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|
webcolors==1.13
|
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|
webencodings==0.5.1
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|
websocket-client==1.5.1
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|
widgetsnbextension==4.0.7
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@ -1,21 +1,9 @@
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#!/bin/bash
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python3 -m venv venv
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source venv/bin/activate
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export WORKSPACE=$(pwd)
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export PETSC_CONFIGURE_OPTIONS="--download-fblaslapack --download-chaco --download-hdf5"
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rm -r ~/.cache/pip
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pip3 install -r requirements.txt
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# gfortran
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sudo apt install build-essential
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sudo apt install gfortran
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||||||
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences default-folder-viewer 'list-view'
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pip3 install --user numpy scipy matplotlib ipython jupyter pandas sympy nose mpi4py
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# install open mpi latest version
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sudo apt install openmpi-bin
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# setup petsc4py
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./script_fortran.sh
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||||||
export PETSC_CONFIGURE_OPTIONS="--download-fblaslapack --download-chaco --download-hdf5"
|
cd fftma_module/gen && python3 setup.py install
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||||||
pip3 install petsc petsc4py
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@ -1,71 +0,0 @@
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|||||||
#!/bin/bash
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||||||
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||||||
export WORKSPACE=$(pwd)
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||||||
|
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||||||
# gfortran
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||||||
|
|
||||||
sudo apt install build-essential
|
|
||||||
sudo apt install gfortran
|
|
||||||
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences default-folder-viewer 'list-view'
|
|
||||||
|
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||||||
# install open mpi 2.1.1
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||||||
curl https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v2.1/openmpi-2.1.1.tar.bz2 --output openmpi-2.1.1.tar.bz2
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||||||
tar -jxf openmpi-2.1.1.tar.bz2
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|
||||||
cd openmpi-2.1.1
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./configure --prefix=$HOME/opt/openmpi
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make all
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||||||
make install
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echo "export PATH=\$PATH:\$HOME/opt/openmpi/bin" >> $HOME/.bashrc
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||||||
echo "export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:\$HOME/opt/openmpi/lib" >> $HOME/.bashrc
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source ~/.$1rc
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cd ..
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# install miniconda
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curl https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh --output Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
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||||||
bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh -b
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||||||
source ~/.$1rc
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||||||
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# create python 2.7 environment
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conda init $1
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||||||
source ~/.$1rc
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conda create -n py2_7 python=2.7
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||||||
conda activate py2_7
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pip install --user numpy scipy matplotlib ipython jupyter pandas sympy nose
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# setup petsc
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git clone https://gitlab.com/petsc/petsc
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cd petsc
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git checkout maint-3.8
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./configure --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-fblaslapack --with-debugging=0 COPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' CXXOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' FOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native'
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||||||
make PETSC_DIR=$WORKSPACE/petsc PETSC_ARCH=arch-linux2-c-opt all
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||||||
make PETSC_DIR=$WORKSPACE/petsc PETSC_ARCH=arch-linux-c-opt check
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cd ..
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# setup petsc4py
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||||||
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||||||
git clone https://Icolecchio@bitbucket.org/petsc/petsc4py.git
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|
||||||
cd petsc4py
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||||||
git checkout maint-3.8
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|
||||||
export PETSC_DIR=$WORKSPACE/petsc
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python setup.py build
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python setup.py install --user
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python setup.py test
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